El filial se llamó Atlético Amorós entre 1994 y 2000 por la vinculación que tuvieron las escuelas de fútbol base del Club durante esos años con el madrileño Colegio Hermanos Amorós y su equipo el CD Amorós. El Atlético comenzó bien el partido, con dos buenas ocasiones de Raúl García y Simao. Pese a los logros deportivos, desaparecieron secciones como las de béisbol, balonmano, o rugby, mientras que Di Stéfano fue secuestrado por miembros de las Fuerzas Armadas de Liberación Nacional de Venezuela durante la Pequeña Copa del Mundo de Caracas.
